Bản phát hành của Final Fantasy IX đã bị trì hoãn để tránh việc phát hành cùng thời điểm với Dragon Quest VII của đối thủ Enix.[21] Vào ngày 7 tháng 10 năm 2000, một ngày thử nghiệm cho phiên bản Final Fantasy IX ở Bắc Mỹ đã được tổ chức tại Metreon ở San Francisco, California.[22] Bản phát hành đầu tiên ở Mỹ của trò chơi cũng là tại Metreon. Các sản phẩm giới hạn cũng đã đi kèm với trò chơi và người hâm mộ đã cosplay thành các nhân vật trong Final Fantasy để kỷ niệm ngày phát hành.[23] Tại Canada, một lỗi sản xuất đã khiến các bản sao của Final Fantasy IX không có phiên bản tiếng Anh của hướng dẫn sử dụng, khiến Square chuyển các bản sao của hướng dẫn tiếng Anh đến các cửa hàng Canada vài ngày sau đó.[24]

Trò chơi đã được quảng bá rất nhiều cả trước và sau khi phát hành. Bắt đầu từ ngày 6 tháng 3 năm 2000, các nhân vật trong Final Fantasy IX đã được sử dụng trong một dòng quảng cáo Coca-Cola do máy tính tạo ra. Bức tượng của một số nhân vật cũng được sử dụng làm giải thưởng trong chiến dịch tiếp thị của Coca-Cola.[25] Cùng năm đó, IGN đã trao tặng búp bê và tượng nhỏ trong Final Fantasy cho các giải thưởng trong một số cuộc thi của họ.[26]

Final Fantasy IX cũng là điểm chuẩn của dịch vụ tương tác PlayOnline của Square. PlayOnline ban đầu được phát triển để tương tác với Final Fantasy X, nhưng khi những kế hoạch đó thất bại, nó đã trở thành một trang web chiến lược cho Final Fantasy IX. Trang web được thiết kế để bổ sung cho các hướng dẫn chiến lược chính thức của BradyGames và Piggyback Interactive cho trò chơi, nơi những người chơi đã mua hướng dẫn có quyền truy cập vào "từ khóa" có thể tìm kiếm trên trang web của PlayOnline để biết thêm mẹo và thông tin. Điều này gây ra sự giận dữ giữa những người mua hướng dẫn, vì họ cảm thấy bị lừa vì hướng dẫn in đắt tiền. Sai lầm này đã khiến trang vào danh sách "5 khoảnh khắc ngu ngốc nhất đời game thủ" của GameSpy,[27] và Square từ bỏ ý tưởng đó cho Final Fantasy X, cũng được phát triển vào thời điểm đó.

Vào ngày 18 tháng 12 năm 2012, trò chơi đã được phát hành lại như là một phần của gói Final Fantasy 25th Anniversary Ultimate Box ở Nhật Bản.[28] Vào ngày 10 tháng 2 năm 2016, một bản remaster đã được phát hành cho iOS và Android.[29] Bản remaster có phim HD và mô hình nhân vật, tính năng tự động lưu, hệ thống tăng tốc độ cho trò chơi và không đụng độ với kẻ thù, và hệ thống thành tích. Phiên bản cho Microsoft Windows đã được phát hành vào ngày 14 tháng 4 năm 2016. Vào tháng 9 năm 2017, bản Windows đã được phát hành trên PlayStation 4.[30] Nó cũng được phát hành trên Nintendo Switch, Xbox One và Windows 10 ở Bắc Mỹ vào ngày 13 tháng 2 năm 2019 và tại các khu vực khác vào ngày hôm sau.[31][32]